После "Токийского взрыва", мир узнал о контракторах, что очень сильно повлияло на общественность. В Японии произошли массовые волнения, несколько демонстраций, требовавших отставки правительства, были жестоко подавлены. Дабы успокоить общественность, Пандора был расформирован, ровно как и специальный отдел полиции. Большинство стран заморозили свои проекты по использованию контракторов в боевых условиях. Но MI-6 и русское КГБ решили усилить свое мировое влияние за счет этого совершенного оружия. Гонка вооружений и информации продолжается.
"Ночной первоцвет", оставшийся без своего лидера, перестает быть угрозой для спецслужб. На оставшихся в живых членов группировки начинается охота.
Несмотря на это, Астрономический отдел продолжает работать и следить за контракторами.
Организация теряет большинство агентов-контракторов по всему миру. Из-за огласки в СМИ, за ней очень пристально наблюдает ЦРУ, хотя найти лидеров пока не удается.
Даже после всех этих событий, Организация продолжала исследовать явления кукол и контракторов. В ходе проведения ряда опытов над предметами из Врат, был раскрыт секрет появления кукол. В следствии этого, появился проект "Марионетка", который заключается в создании новых существ.
29 июля происходит солнечное затмение. Во время этого события, наблюдается всплеск активности контракторов. Куклы, в свою очередь, перестают подавать признаков жизни. Начались повальные смерти кукол по всему миру. А началось все в Токио...

Прошел год. На замену куклам пришли новые создания, названные марионетками. Общественность смирилась с существованием контракторов. ООН признало их права, но незаконное их использование  в военных целях продолжается. Гонка информации снова набирает обороты - многих ученых, которые когда-то были в Пандоре, вербуют или похищают. Одним из "требуемых" личностей является Профессор Шредер, стоявший у истоков Пандоры. Некоторое время, он скрывался, но Организация нашла его и похитила. Оказалось, что профессор сам является контрактором, со способностью рисовать будущее. На его картинах очень часто можно увидеть разрушение стены адских Врат и настоящее небо. Но будущее, как известно, можно изменить. Что произойдет дальше неизвестно никому. Будут ли уничтожены Врата? Изчезнуть ли контракторы? Кто знает...